La historia de B-Daman Crossfire tiene lugar en el año 2020, donde un juguete llamado "B-Daman" es muy popular entre niños de todo el mundo. Un grupo de amigos descubre la existencia de un torneo secreto llamado "B-Daman Secret", el cual está restringido sólo a un selecto grupo de participantes. Ellos harán de todo para participar y tendrán que unirse para combatir las fuerzas del mal.